Les zones humides et les fleuves côtiers du territoire constituent un réseau de réservoirs de biodiversité et de corridors écologiques. Ces espaces jouent un rôle essentiel de tampon climatique et de résorption des crues lors des épisodes pluvieux de forte intensité. Ce sont donc des écosystèmes majeurs interdépendants à préserver.

La charte définit ainsi comme prioritaire d’une part la préservation des zones humides et de leurs bassins d’alimentation, notamment par leur prise en compte dans les documents de planification et par une gestion appropriée et d’autre part la restauration, l’entretien et la bonne gestion des cours d’eau et de leurs ripisylves*, qui permettront de préserver leurs fonctionnalités écologiques. Enfin, la réduction des impacts des activités humaines sur ces milieux est également recherchée.