Les éléments naturels qualifiés de grande valeur patrimoniale comprennent notamment les habitats considérés comme d’« intérêt spécial » : espèces rares, vulnérables, emblématiques et/ou endémiques, les éléments géologiques reconnus, les individus patrimoniaux (ex : vieux arbres) et tout autre élément naturel pouvant concourir à l’amélioration de la connaissance scientifique (ex : sols profonds pour la recherche d’indices type charbon de bois, pollens, etc., en vue de retracer l’histoire de la végétation). Il s’agira, pour les éléments forestiers, de préserver et le cas échéant restaurer les milieux forestiers patrimoniaux (pinède littorale climacique, chênaie, etc.) afin d’accroître la représentativité des peuplements matures qui sont très épars sur le territoire.
Ces éléments peuvent se situer dans des zones à forte fréquentation, où ils sont soumis à des dérangements ou à des pressions potentiellement irréversibles (piétinement à terre, surpêche en mer, chalutage, etc.) ou, à l’inverse, dans des zones dites « refuges », loin des perturbations humaines (falaises littorales, grottes sous‐marines, canyons sousmarins, etc.). Toutefois, même ces zones peu accessibles peuvent subir, directement ou indirectement − par exemple via le bruit et les pollutions − l’impact anthropique.
Ainsi, ces éléments naturels de grande valeur doivent bénéficier d’une attention particulière pouvant impliquer des réglementations et actions de gestion pour limiter les impacts négatifs relatifs notamment à la fragmentation et aux pollutions (cf. Objectif I et III) ; mais aussi pour assurer des suivis et/ou programmes d’études afin de déterminer leur état de conservation et leur dynamique, d’améliorer les connaissances sur leur biologie et écologie et de mesurer l’efficacité des mesures mises en place pour leur protection.
La protection qui sera mise en place ou renforcée visera aussi l’accroissement et le brassage génétique des populations d’espèces rares et emblématiques, telles que : Puffins, Faucon pèlerin, espèces végétales structurantes de la phrygane (Astragale de Marseille, Plantago subulé, Thymelée tartonraire), éponges carnivores, Corb, Mérou, Posidonie, Corail rouge, cétacés, etc. et plus particulièrement celles bénéficiant d’un Plan National d’Action37 en faveur des espèces menacées : Aigle de Bonelli (1 seul couple à l’échelle du parc national), Chevêche d’Athena, Pies grièches, Lézard ocellé, Chiroptères, Pollinisateurs, Tortue d’Hermann.
Une attention particulière sera consacrée aux cétacés, car les eaux du parc national en sont potentiellement riches. L’objectif est ici de minimiser l’impact du trafic maritime − très dense, notamment en coeur − et des vitesses élevées qui constituent des menaces majeures pour les cétacés.
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